Suana, l'antico nome della città etrusca, venne fondata da gruppi di agricoltori e pastori i cui insediamenti erano posti su varie alture lungo il medio corso del fiume Fiora (anticamente Armine).
Sovana fu il centro principale della zona circostante dove sorsero numerosi agglomerati urbani grazie alla facilità di collegamento viario dei più grandi centri di Statonia, Saturnia , Chiusi.
Sovana già dal III sec. a.C. fu alleata di Vulci e con lei partecipò alle lotte degli Etruschi contro il tentativo di espansione dei Romani, finché il console Caio Tiberio riuscì a conquistare queste terre, Vulci divenne "città senza diritto di voto", e Sovana nell' ordinamento romano divenne "Municipium".
Sotto l'egemonia romana, Sovana divenne una città più fiorente nella zona grazie all'allargamento degli orizzonti commerciali ed alla prosperità agricola, la scrittura rimase quella etrusca fino al I sec. a.C. come testimoniano le numerose tombe etrusche della zona.
Dal IV sec. in poi si diffuse il cristianesimo in città grazie all'opera di evangelizzazione operata da S.Mamiliano (suo patrono), divenne sede vescovile dal V sec.. Dal IX sec. gli Aldobrandeschi costituirono un vasto dominio in Maremma Toscana con sede a Sovana, quest'ultima conobbe il massimo splendore anche grazie alla grande figura di Papa Gregorio VII, al secolo Ildebrando da Soana. Dopo la morte del Pontefice, le continue lotte fra Papato e l'Imperatore, sconvolsero la città sino a che nel 1243 dopo un lungo assedio da parte di Federico II, Guglielmo Aldobrandeschi, fu costretto a riconoscere e ad accettare un presidio imperiale in Sovana oltre che in altri centri della contea.
Da lì a poco Sovana cominciò a subire un continuo declino che con la morte di Margherita e quindi finiti i discendenti degli Aldobrandeschi fece posto al subentro della famiglia dei Conti Orsini.
Di lì a poco i Senesi conquistarono la città e saccheggiarono anche gli edifici sacri (la campana del Duomo fu portata come trofeo a Siena e collocata sul campanile della Cattedrale, dove si trova ancora oggi ed è chiamata dai Senesi "Sovana").
Sovana cadde in un periodo di abbandono e miseria tanto che i sovanesi ottennero da Papa Alessandro VI di trasferire i monaci dell'Abbazia di Montecalvello (nei pressi dell'attuale Elmo), all'interno delle proprie mura per tentare di migliorare le proprie condizioni economiche e sociali, ma gli effetti positivi di questa iniziativa durarono fino a quando il Papa Innocenzo X, con una bolla, abolì la comunità monastica.
Quando nel 1555 la famiglia fiorentina dei Medici ebbe ragione su Siena, Cosimo I chiese agli Orsini, che nel frattempo avevano riconquistato e risaccheggiato Sovana, la restituzione della città come terra Senese. Al rifiuto di Niccolò IV Orsini, iniziò un assedio a Sorano dove era solito rifugiarsi il Conte. A questo punto intervenne lo Stato Pontificio che costrinse il Conte di Pitigliano a consegnare Sovana a Cosimo dei Medici e questi cominciarono a risollevare Sovana favorendone il ripopolamento grazie a privilegi fiscali e donazioni di case e terre.
Ma a seguito di una epidemia di malaria la cittadina si spopolò quasi completamente, anche i vescovi furono costretti ad abbandonare la città e nel 1660 il vescovo Gerolamo Borghesi, trasferì la sede episcopale da Sovana a Pitigliano.
Infine con Pietro Leopoldo di Lorena venne disciolta la comunità di Sovana che entrò a far parte del Comune di Sorano, dove rimase definitivamente dal 1814 fino ad oggi.
Da allora solo gli scavi, con il conseguente ritrovamento di una e vera e propria "necropoli" con tombe e resti della civiltà etrusca, contribuirono a togliere il paese dall'oblio nel quale era caduto, tanto che fu soprannominata "Città di Geremia" per l'immagine di città desolata che si presentava al visitatore proprio come al profeta.